Le village de Blanquefort existait déjà au Haut Moyen Âge, comme l'atteste la présence de sarcophages mérovingiens dans les soubassements de l'église du bourg. Ce bâtiment cultuel a été dédié à Saint-Martin, évangélisateur de la Gaule, ce qui laisse imaginer une origine lointaine.
Au milieu du 11e siècle, des seigneurs s'établissent et édifient un premier château de pierre, de style roman sur la route de Bordeaux au Médoc, axe stratégique sur lequel le seigneur perçoit des droits de passage.
Il succède vraisemblablement à un donjon primitif en bois. Établi au milieu de marais, l'édifice blanc - car construit en pierres calcaires - marque les esprits à une époque où même les églises sont encore en bois. Il donne son nom à la ville : Blanquefort est le blanca fortis, c'est-à-dire le « fort blanc ».
Au 13e siècle, le château devient la propriété du roi d'Angleterre Édouard, qui est aussi duc d'Aquitaine. Le château est cédé peu après à la puissante famille de Durfort qui conserve la forteresse jusqu'à la Révolution française.
Au début du 14e siècle, les Durfort sont la plus puissante famille de Guyenne et ils représentent le roi en son absence. Blanquefort est leur principale possession. La seigneurie comprend alors un tiers du Médoc, atteint l'océan Atlantique et le bassin d'Arcachon.
Parallèlement, d'autres châteaux plus modestes apparaissent sur l'actuelle commune, comme à Breillan ou Terrefort. Une chapelle est construite plus au nord, dans le village de Caychac.
Le petit château est alors agrandi pour devenir une forteresse royale, anglaise, chargée de défendre Bordeaux contre une attaque du roi de France.
Blanquefort devient un lieu stratégique de la guerre de Cent Ans. Une enceinte en pierres est construite ; le donjon est agrandi par l'adjonction de six grosses tours.