Le début de la période moderne, du 15^e et au 17^e siècle, coïncide pour la ville de Bordeaux et ses environs au basculement de la domination anglaise vers la domination française (1453).
C'est une époque de profonds bouleversements dans tous les domaines :
- dans le domaine politique, les larges libertés obtenues  lors de la période anglaise sont confrontées à la mise en place d'un État puissant dans le royaume de France,
- dans le domaine économique, les relations privilégiées avec l'Angleterre, notamment dans la vente du vin, sont fragilisées,
- dans le domaine culturel, Bordeaux et sa région participent aux évolutions de la Renaissance avec le développement de l'humanisme (illustré par Montaigne et La Boétie) et la division du christianisme (importance des guerres de religion dans le sud-ouest de la France)
Cela explique l'agitation que connaît la cité bordelaise durant les deux premiers siècles de la période moderne : en 1548, une grande révolte oppose les Bordelais au pouvoir royal.
À la suite de la jacquerie des pitauds, la population se révolte contre la fiscalité (impôts des cinquante mille hommes de pied) et pour les libertés publiques. Les insurgés encerclent le 21 août le fort du Hâ et le château Trompette. Ils massacrent le gouverneur du roi Tristan de Moneins et vingt officiers des gabelles. Le roi Henri II ordonne au connétable Anne de Montmorency une répression exemplaire.

La cité de Bordeaux perd ses privilèges. Elle est désarmée, verse une amende et son parlement est suspendu. En ville, 140 personnes sont condamnées à mort. La répression s’étend ensuite dans les campagnes alentours où l’on pend les meneurs. Néanmoins, en 1549, Henri II amnistie la cité. Ces événements ont inspiré à Étienne de la Boétie son Discours de la servitude volontaire.
Quinze ans plus tard, Bordeaux est touchée par les guerres de religion.
En 1562, Duras, capitaine protestant, échoue à prendre le château Trompette, avant d’être battu dans le Périgord par Monluc. Charles IX entre dans la ville le 9 avril 1565 lors de son tour de France royal (1564-1566), accompagné de la Cour et des Grands du royaume : son frère le duc d’Anjou, Henri de Navarre, les cardinaux de Bourbon et de Lorraine. Ce voyage est entrepris pour apaiser les guerres de religion.

Les protestants ont été éliminés de Bordeaux, et un syndicat ou ligue de bourgeois se met en place dès 1563 pour conserver la religion catholique.
Le massacre de la Saint-Barthélemy (24 août 1572 à Paris) se répète à Bordeaux le 3 octobre, où les protestants sont exterminés, le Parlement ayant planifié les opérations et les massacreurs étant excités par les prêches des prêtres catholiques. Le lieutenant du roi tente d’empêcher les tueries, mais le maire laisse faire, le bilan s'élève à 200 ou 300 morts.
En 1585, Montaigne est élu maire de Bordeaux par les Jurats. La ville s'apaise et trouve une nouvelle source de profit dans le commerce du pastel de Garonne.

Pendant les luttes de la Fronde entre la noblesse française et le roi, les bourgeois bordelais forment l'Assemblée de l'Ormée.
Ce n'est qu'en 1653, que Bordeaux est soumise par les armes et que le jeune Louis XIV y fait une entrée solennelle.
En 1675, les parlementaires laissent se développer la révolte du papier timbré, provoquée par une hausse des impôts. Le Parlement est exilé plusieurs années à Condom, et la ville doit loger à ses frais plusieurs régiments. Alors que la fonction de commissaire de police est supprimée après cette révolte, progressivement, une « police de proximité » se met en place, En effet, depuis le XVI^e siècle à Bordeaux, les jurats ont créé la fonction de « dixainier », chargés de dénoncer au Jurat les contraventions aux ordonnances de police (« pour le nettoiement des rues, le port d'armes, et tardivement la déclaration des étrangers » à la ville).

Depuis une ordonnance royale du 5 mai 1674, les dixainiers doivent veiller à ce que les habitants et hôteliers déclarent bien au Jurat les étrangers qu'ils hébergent.